Dal 1920 l’Istituto Toniolo, dopo aver costituito l’Ateneo, ha continuato a garantirne il perseguimento dei fini istituzionali, prendendosi cura dell’Università Cattolica, partecipando alla sua Governance e accompagnandola nei momenti salienti della sua vita accademica e istituzionale. 

Nel 1923 l’Istituto Toniolo, per iniziativa di Armida Barelli, organizzò la prima “Giornata Universitaria”, una questua annuale da tenersi in tutte le parrocchie di Italia con il fine di sostenere economicamente l’Ateneo. Nel corso degli anni successivi, dopo il riconoscimento nel 1924 da parte dello Stato italiano dell’Università, l’Istituto sostenne gli ampliamenti degli spazi a disposizione dell’Ateneo resisi necessari per favorirne il suo sviluppo. Vennero anche acquisiti terreni nelle città di Roma e Piacenza. Fin dalla fondazione l’Istituto Toniolo ha quindi svolto un fondamentale compito di sostegno al fabbisogno economico dell’Università, compito che ha continuato a svolgere anche negli anni successivi, facendosi garante dell’indipendenza dell’Università dei Cattolici italiani anche nei periodi di maggiori difficoltà. La gestione del proprio patrimonio è infatti sempre stata finalizzata a rispondere alle esigenze che di volta in volta l’Ateneo manifestava.

In anni più recenti, l’Istituto ha sviluppato nuove iniziative e progetti a servizio diretto degli studenti dell’Università, della Chiesa e della Società. Dal 2009 ha varato un piano di borse di studio a favore degli studenti immatricolandi e iniziative volte alla valorizzazione dei Collegi in Campus dell’Ateneo. Dal 2014 il Fellowship Program Toniolo permette di inserire giovani laureati presso le rappresentanze internazionali della Santa Sede. L’Istituto contribuisce ora alla terza missione dell’Università e partecipa al dibattito pubblico, avviando progetti di ricerca e indagini che abbiano come fine il miglioramento della vita sociale e culturale del Paese; nel 2011 l’Istituto avvia l’Osservatorio Giovani, nel 2019 lancia il progetto Laboratorio Futuro.

Nel dicembre 2014 l’Istituto Toniolo unitamente a Università Cattolica ha costituito la Fondazione Policlinico Universitario Agostino Gemelli, oggi IRCCS. L’Istituto ha realizzato tale obbiettivo mettendo a disposizione direttamente parte del proprio patrimonio immobiliare della sede di Roma.