A partire dal 1920, anno di fondazione, i presidenti che si sono susseguiti sono stati un totale di undici: sette ecclesiastici e quattro laici. Con il cambiamento statutario dell’aprile 2013 è Presidente dell’Istituto Toniolo di studi superiori l’Arcivescovo pro-tempore della Diocesi di Milano. Tra le sue funzioni quella di rappresentare l’Istituto e promuoverne le attività, presiedere il Comitato di Indirizzo e il Consiglio di Amministrazione.

• Conte Gran Croce Ernesto Lombardo (1920-1935)
• Padre Agostino Gemelli (1935-1959)
• Mons. Prof. Francesco Olgiati (1959-1962)
• Card. G. Battista Montini (1962-1963)
• Mons. Carlo Colombo (1964-1973)
• Prof. Giuseppe Lazzati (1973-1976)
• Prof. Mario Enrico Viora (1976-1986)
• Sen. Avv. Emilio Colombo (1986-2003)
• Card. Dionigi Tettamanzi (2003-2012)
• Card. Angelo Scola (2012-2017)
• Mons. Mario Enrico Delpini (dal 2017)