Nell’agosto 1918 Padre Agostino Gemelli e Armida Barelli presentano a Giuseppe Toniolo un progetto per la costituzione di un istituto superiore. L’incontro, avvenuto a Varallo Sesia dove il professore pisano era ospitato da un industriale tessile, il conte Ernesto Lombardo, è ricordato dai protagonisti come un momento intenso ed illuminante in cui Toniolo passò il testimone al futuro rettore dell’Università Cattolica. Toniolo aveva appunto sollecitato padre Gemelli a realizzare un’istituzione scientifica cattolica che servisse a promuovere il progresso degli studi nella convinzione che l’apporto dei cattolici alla ricostruzione del Paese, e lo stesso ruolo del cattolicesimo, non potessero prescindere dalla libertà di insegnamento.

Il 26 dicembre 1919 si tenne una riunione finalizzata alla fondazione dell’Università Cattolica. Subito padre Gemelli, che pensava a un Ateneo dotato di tutti i mezzi per poter incidere nella vita pubblica, mise all’ordine del giorno il tema riguardante i rapporti con lo Stato. Proprio per questo Filippo Meda, avvocato milanese figura preminente nel movimento cattolico italiano, suggerì di costituire un Comitato promotore di un ente morale. Sarebbe stato quest’ultimo a richiedere l’autorizzazione da parte delle autorità governative ad avviare ad una facoltà universitaria. 

Il 6 febbraio 1920, con atto pubblico redatto dal notaio Carlo Nogara, fu fondato l’Istituto Toniolo, provvedendo contestualmente ad inoltrare al Ministero della Pubblica Istruzione la domanda perché fosse eretto in ente morale. Il 24 giugno successivo con regio decreto firmato da Benedetto Croce, allora ministro della Pubblica Istruzione, venne riconosciuto l’Istituto Giuseppe Toniolo di Studi Superiori.