A partire dal 1920, anno di fondazione, i presidenti che si sono susseguiti sono stati un totale di undici: otto ecclesiastici e quattro laici. Con il cambiamento statutario dell’aprile 2013 è Presidente dell’Istituto Toniolo di studi superiori l’Arcivescovo pro-tempore della Diocesi di Milano. Tra le sue funzioni quella di rappresentare l’Istituto e promuoverne le attività, presiedere il Comitato di Indirizzo e il Consiglio di Amministrazione.